我想從以下項目下載所有SRA文件。是否可以同時下載所有SRA文件？
快速瀏覽一下您的鏈接，可以知道SRR編號從SRR837819到SRR837856。您可以使用sratoolkit中的fastq-dump，並在bash中對其進行for循環。
這樣的方法應該起作用：
for（（i = 19;我< = 56; i ++））做fastq-dump --accession SRR8378 $ idone 在閱讀 Devon Ryan的答案後，我意識到您要求SRA文件而不是fastq。也可以通過預取sratoolkit來完成：
for（（i = 19; i < = 56; i ++））做預取SRR8378 $ idone
假設您最終只想要fastq文件，並且知道SRR（運行）編號，那麼我可以從此處下載它們： ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/
關於下載多個文件，我剛剛使用了多個wget命令。我不知道一種將所有文件下載到一個壓縮文件夾或其他任何文件中的方法：/
我建議您按照 Eric A Brenner的答案中的建議進行操作，然後下載fastq文件。但是，如果由於某些原因確實要使用SRA文件，請注意，您可以使用 parallel-fastq-dump來加快處理速度。一定要遵循有關使用 prefetch 的建議。
您需要將其與 b.nota的答案結合起來（例如，將命令放入 for 循環）。
我能夠使用 Entrez Direct和SRA工具包找到解決方案：)如果您有項目編號或 SRA項目編號，則您的名稱為SRP022054對於36個SRA，在這種情況下，您可以使用esearch進行查詢，並使用這種襯裡將其通過管道傳送到SRA工具包中：
esearch -db sra -query SRP022054 | efetch --format運行信息|切-d'，'-f 1 | grep SRR |頭-5 | xargs fastq-dump --skip-technical --readids --read-filter pass --dumpbase --split-3