我們如何找到PDB文件中所有殘基之間的距離？

Iakov Davydov

2017-06-16 19:22:18 UTC

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如果需要處理多個文件，則可以使用 Biopython解析PDB結構。

 來自Bio .PDB導入PDBParser＃創建parserparser = PDBParser（）＃從文件結構= parser中讀取結構.get_structure（'PHA-L'，'1fat.pdb'）model = structure [0] chain = model ['A']＃此示例僅使用單鏈的第一個殘基。＃可以很容易地將其擴展到多個鍊和殘基。對於鏈中的殘基1：對於鏈中的殘基2：如果殘基1！=殘基2：＃計算CA原子之間的距離嘗試：距離=殘基1 ['CA']-除KeyError之外的殘渣2 ['CA']：##無CA原子，例如對於H_NAG，如果距離< 6：print（residue1，residual2，distance）＃繼續進行，則在第一個殘基斷裂後停止

如果要查看一個結構，則使用查看器可能會更容易。您可以嘗試 PyMOL ：（如何測量距離）。還有其他PDB查看器，其中一些甚至可以通過瀏覽器使用。

親愛的拉科夫，我安裝了Anaconda和Biopython軟件包，並在PyCharm 5.0中運行了上面的代碼，並得到以下錯誤：

追溯（最近一次通話）：文件“ C：/Users/VN7-592/PycharmProjects/untitled/sara.py”，第7行，在<模塊>結構= parser.get_structure（'PHA-L'，'1FAT。 pdb'）

文件“ C：\ Users \ VN7-592 \ Desktop \ Anaconda \ lib \ site-packages \ Bio \ PDB \ PDBParser.py”，第81行，位於get_structure中，帶有as_handle（file，mode ='rU'）作為句柄：File __enter__中的第17行，“ C：\ Users \ VN7-592 \ Desktop \ Anaconda \ lib \ contextlib.py”返回self.gen.next（）文件“ C：\ Users \ VN7-592 \ Desktop \ Anaconda \ lib \ site-packages \ Bio \ File.py“，第88行，位於as_handle中，打開方式（句柄，模式，** kwargs）為fp：IOError：[錯誤2]沒有此類文件或目錄：'1FAT.pdb'

您的工作目錄中沒有1FAT.pdb文件，或者您的操作系統區分大小寫。

但這僅給出了分子間的距離嗎？ BioPython忽略了晶體對稱性？通常，要檢查殘基X和Y之間的接觸，需要計算X與Y的最近對稱圖像之間的距離。

TW93

2017-06-16 19:48:10 UTC

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您可以使用CCP4的NCONT程序嗎？有適合的GUI和命令行界面。您可以指定要定位並與之交互的鏈，並設置距離的截止點。好處是一旦您進入，就可以使用一整套其他結構化工具。

如果只做一次，那麼GUI非常友好，可以解決問題。重新做一個批處理，然後您可以通過命令行在多個文件上運行它。

下載

我已經下載了該程序，但是還不能使用它。我正在嘗試運行它

@Sara您遇到了什麼問題？

它不會錯誤運行。程序說選擇項目名稱，即使我選擇了項目名稱，也要說選擇項目名稱並停止運行

llrs

2017-06-19 16:18:02 UTC

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作為項目的一部分，我和一些隊友編寫了 script，該腳本輸出了殘基之間距離的可視化圖。它使用Biopython。

contact_map.py模塊可以滿足您的需求。例如，如果要查找CA低於5的殘基，可以運行以下命令：

  python3 contact_map.py pdb1cd8.ent -a CA -CA 5

這將產生三個文件：

  distance_map_pdb1cd8_CA.png＃殘渣之間的距離的熱圖。 log＃採取的操作

如果尚未下載pdb結構，則可以使用主模塊：

  python3 cozmic.py real 1cd8 -a CA -CA 5

它如何計算距離？僅在不對稱單元內部，還是在晶體（或生物組裝體）中兩個殘基之間的最短距離？

@marcin它計算文件中每個殘基之間的C alpha（或beta，如果您選擇的話）之間的距離。

通常，文件==不對稱單位。如果您想在[生物裝配]（https://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/biological-assemblies）或水晶中找到所有聯繫人，則需要採取對稱性考慮在內。

感謝您的提示，也許您想為這些模塊做出貢獻。

我現在正在研究一個[項目]（https://github.com/project-gemmi/gemmi/），將來可能會與Bio.PDB競爭，但今年可能還沒有競爭:-)

我認為Bio.PDB正在積極地進行修改，但是祝您工作順利

Ajasja

2017-06-17 01:09:38 UTC

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您可以使用 MDtraj。使用Anaconda可以輕鬆安裝該軟件包。

您可以使用以下代碼段獲取相互作用的殘基（摘錄自 http://mdtraj.org/1.6.2/examples/native-contact。 html）

  heavy_pairs = np.array（[[i，j）for（i，j）組合（heavy，2），如果abs（native.topology.atom（ i）.residue.index-\ native.topology.atom（j）.residue.index）> 3]）＃計算本機狀態下這些對之間的距離heavy_pairs_distances = md.compute_distances（native [0]，heavy_pairs）[0 ]＃並獲取對st距離小於NATIVE_CUTOFFnative_contacts = heavy_pairs [heavy_pairs_distances < NATIVE_CUTOFF] print（“本機聯繫人數量”，len（native_contacts））

jgreener

2019-09-11 02:28:13 UTC

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也可以使用Julia中的 BioStructures.jl包找到C-alpha之間的距離：

 使用BioStructuresstruc = read（“ 1AKE.pdb”，PDB ）calphas = collectatoms（struc ['A']，calphaselector）dm = DistanceMap（calphas）

然後 dm [5，10] 得到 12.19677604943208 等。

其他版本也可以使用，請參見 docs。