Nic Barker
2017-11-14 06:26:36 UTC
昨天，我在R中調試一些東西，試圖獲得流行的流式細胞術工具來處理我們的數據。在研究了幾個小時後，我發現我們的數據即將達到極限，在某些情況下，該算法似乎無法正常工作。
此錯誤不一定是最重要的問題，但我有信心它可能以更隱蔽和不太明顯的方式發生在我之前的其他用戶身上。
鑑於自該工具發布以來，已經有很多文獻使用它， 專業人士如何處理這些廣泛使用的程序包中的錯誤的發現？
我敢肯定，鑑於許多庫的零碎性質，這種情況正在發生在某個時候以更有意義的方式發生（即使大量已發布的結果無效）
在某些情況下，我是一名程序員，他從事軟件開發的其他各個部分，並且相當生物信息學的新手。
您是否已將錯誤報告給開發人員？該工具仍然維護嗎？確實，這取決於開發人員如何處理錯誤。有時它將在下一個發行版中發布，有時將被確定為低風險和低概率事件，並且潛在的解決方案將帶來巨大的風險，因此它仍然是已知問題。
我認為這個問題可能會受益於更通用的標籤。這可能會以C ++，python，perl，S或任何其他語言出現在其他軟件包/庫中。好的標籤也許是[tag：software-quality]？
也可能是有關Academics.SE的相關問題
@WayneWerner有一個相關的[問題]（https://academia.stackexchange.com/q/89599/18238）
我不確定我是否理解這個問題。 “在某些情況下，該算法似乎無法正常工作”-您是說該算法從生物學家的角度來看是不正確的，但在程序包中已正確實現，或者一般算法可以正確計算所有內容，但是它在特定程序包中的R實現不符合規範？
@Llopis我想創建一個新的常規標籤，不幸的是我當時沒有聲譽。我會考慮一下，如果可以的話，請重新標記。
@Bioathlete是的，我可能應該更加清楚-我已經報告並修復了該錯誤，但我一直在想從更一般的意義上講對公共文學的更大影響。
@rumtscho該聲明的意思是，在某些情況下，它按預期運行，而在其他情況下，則沒有按預期運行。即對於某些數據集，結果將是錯誤的，但對於其他數據集，則可以正常工作。
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感謝您的技巧@Llopis,，我仍在努力尋找最佳實踐。