James Draper
2017-09-06 00:09:50 UTC
給出與Ensembl基因ID鏈接的Uniprot ID列表，有沒有辦法在沒有其他信息的情況下系統地確定與該基因的主要轉錄本的蛋白質產物相對應的UniProt入種，沒有其他信息？
希望引用其出版物中的條目的研究人員應始終引用第一個登錄號。這通常稱為“主要登錄號”。
但是如果從另一個來源弄亂或編譯了該訂單並採用了該順序，該怎麼辦？
例如：
集成：
ENSMUSG00000035642
Uniprot：
Q8R0P4，Q8CF11，D6RJK8，D6RJJ4，D3Z442，D3Z1Q3，D3YZD8，D3YY39，D3YX09，D3Y / p>
如果我正確理解，則每個Uniprot條目都具有相同的主要登錄號（您可以在Uniprot條目的“條目信息”選項卡中找到； ctrl + f“ primary”）。您在此處提供的某些ID描述了不同的序列（因此具有不同的Uniprot條目和不同的主要登錄號）。我已經檢查了您在此處顯示的前5個ID。它們都映射到不同的序列，並且**應該**具有不同的登錄號。它們是同工型，突變或截短的序列，上帝知道其他什麼，但它們絕對不是同一蛋白序列。
我從未聲稱這些代表相同的蛋白質序列。上面的問題指出：給定鏈接到Ensembl ID_的Uniprot ID列表
不，您沒有:)我想說的是，我理解的方式首先應該不是Ensembl和UniProt之間的1：1映射。他們描述了不同的事物。我想念什麼嗎？在我看來，您似乎正在嘗試選擇一個蛋白質ID與一個基因ID連接。
@galicae沒有做什麼？我正在嘗試確定是否有一個簡單的過程來從關聯的登錄號列表中識別主要的Uniprot登錄號，而沒有其他外部信息。我認為我不能說得更清楚。
@JamesDraper是指與該基因相關的初級轉錄本的蛋白質產物的初級UniProt保藏號嗎？或您是說該基因編碼的每種蛋白質同工型的主要UniProt保藏？請[編輯]您的問題並闡明您的需求，因為基因和蛋白質之間通常（通常）一對多的關係。
您說過@JamesDraper，您“從未聲稱這些代表”。我同意 ：）
@terdon您提到的第一個選項。隨時根據需要編輯帖子。
@galicae很高興我們在同一頁面上。
@JamesDraper好，您需要怎麼做？手動嗎？是否需要擴展到數百種加入物？您提到“沒有其他信息”，這是否意味著從Ensembl基因ID到主要成績單的Ensembl筆錄ID，然後再獲得與此相關的UniProt保藏號？
老實說，我希望@terdon這個問題有一個我不知道的簡單答案：按降序排列並獲得該列表的第一個成員。或者，是否可以通過某種特殊的正則表達式來識別諸如主要加入之類的東西。但是，非常清楚的是，該問題的答案是否定的？沒有辦法，沒有關聯信息，沒有**外部信息，就無法從相關聯的登錄號列表中確定主要登錄。如果有人想重申這一點作為答案，我會接受並支持。