題:
如何修改Snakemake的執行順序？
zhanxw
2020-05-03 19:14:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

我的目標是使用 step1 ， step2 這兩個規則來處理兩個示例，分別是 S1 和 S2 Snakemake文件類似於：

  SAMPLES = ['S1'，'S2']規則全部：輸入：expand（“ {sample} .done”，sample = SAMPLES）規則step1：輸入：“ {sample} .step1”輸出：“ {sample} .step1.done” shell：“ touch {output}”規則step2：輸入：“ {sample} .step1.done”輸出：“ {sample} .done” shell ：“ touch {output}”

當前執行順序是：

  S1上S1上的step1 step2上S2上S1上step2上S2 > 
是否可以將順序更改為：
 
  S1上的step1 S1上的step1 S2上的S2step2上的step1  
 
基本上，我想完成 S1 ，然後是 S2 。是否可以在Snakemake中指定執行順序？
二 答案:
dariober
2020-05-05 12:53:14 UTC
view on stackexchange narkive permalink

我認為您應該使用 priority指令優先處理下游規則。

在下面，我將 step2 賦予更高的優先級因此，當第一個示例完成 step1 時，snakemake將對該示例運行step2，而不是將另一個示例提交給step1。 

  SAMPLES = ['S1'，'S2'，'S3'] wildcard_constraints：sa​​mple ='|'.join（[[re.escape（x）for x in SAMPLES]] ：輸入：expand（“ {sample} .done”，sample = SAMPLES）規則步驟1：優先級：1輸出：“ {sample} .step1.done” shell：r“”“ sleep 5 touch {output}”“” rule step2：優先級：10輸入：“ {sample} .step1.done”輸出：“ {sample} .done” shell：r“”“ sleep 5觸摸{output}”“”

（請注意，如果沒有 wildcard_constraints ，則您/此代碼會引發 AmbiguousRuleException ）

Patrick Magee
2020-05-04 20:24:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

您遇到的問題是，當snakemake確定運行一組規則的順序時，它將首先為所有規則構建一個有向無環圖（DAG）。這顯示了哪些規則相互依賴，以及可以安全地執行它們的順序，而不會破壞下游的依賴關係。

通常，如果要不共享顯式文件依賴關係的任務一個接一個地執行，可以將標記文件用作規則1的輸出，然後將其引用為規則2 中的輸入。

不幸的是，我認為這不會對您有幫助。您將在 SAMPLES 列表上展開並創建一個通配符。在 DAG 中，這將創建兩個相互獨立的相互競爭的執行分支。確保每個樣本依次出現 step1 和 step2 ，但是在樣本之間沒有保證。

是否存在特定原因，為什麼您需要在 S1 之後運行所有 S2 任務？如果是這樣，那麼最好的選擇是為示例1和示例2創建明確的規則，使用 Flag File 標記 step2 來表示 S1 完成。

在典型的分析中，我們希望看到第一個樣本的一些結果，並確保它是正確的。因此，我希望首先處理S1。感謝您提供標誌文件功能。但是創建它們以確保我的情況下的執行順序似乎很麻煩。
@zhanxw您的需求似乎主要圍繞管道的質量檢查，並確保其產生正確的輸出。我經常必須在運行10或1000樣本之前驗證管道。我發現的最好方法是，不要像您建議的那樣嘗試對管道進行選通，而只需對單個樣本運行一次，然後對所有其餘樣本再次運行即可。
我明白您的意思：一次運行一個樣本。我可以這樣做，但這並不方便，因為我需要編寫另一個腳本來在每個樣本上運行snakemake。我很好奇，如果snakemake已經有了一些解決方案。謝謝。


ⓘ
該問答將自動從英語翻譯而來。原始內容可在stackexchange上找到，我們感謝它分發的cc by-sa 4.0許可。
Loading...