有什麼方法可以使用biopython編寫Swissprot文件嗎？

James

2017-06-29 13:58:04 UTC

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我有以下mwe用於基於某種功能（在本例中為跨膜區域）過濾Swissprot文件。

 來自生物導入SeqIOrecords = []用於SeqIO.parse（“ Input.txt”，“ swiss”）中的記錄：transmembrane_protein = i的虛假print record.id，枚舉（記錄） .features）：if feature.type ==“ TRANSMEM”：transmembrane_protein = True如果transmembrane_protein == True：records.append（record）SeqIO.write（records，“ Output.txt”，“ swiss”）

當 SeqIO.write（records，“ Output.txt”，“ swiss”）變為 SeqIO.write（records，“ Output.txt”，“ fasta”）

但是，尚不支持這種方法。

  ValueError：支持讀取格式“ swiss”，但不寫入

從文檔中，我看到瑞士不支持寫入：

請注意，儘管Bio.SeqIO可以讀取上述所有文件格式，但無法寫入所有文件格式。

是否存在使用biopython / python從解析的swissprot文件寫入swissprot文件的任何非官方方式？

我讀到“ SeqIO無法輸出文件格式（例如，純文本SwissProt格式，“ swiss”）”。但是，一旦知道所需功能的ID，就可以不使用Biopython粘貼蛋白質

它肯定在某些我可以確定的文檔中，但我只是沒有看到它的明確說明，但是它在錯誤處理中指出，因此足以讓我知道沒有簡單的方法。我正在處理幾種蛋白質組。手動粘貼不會很有趣；）我真的可以使用程序化解決方案。

您可以使用grep或awk選擇記錄，然後使用管道將其輸出到另一個文件中。

@Llopis當然是前進的一種方式。但是，我想將該腳本保存在單個python文件中，因為它是跨平台的並且可移植。

來自生物導入SeqIOrecord_dict = SeqIO.index（'Input.txt'，'swiss'）out = open（'Output.txt'，'wb '）用於record_dict中的密鑰：record = record_dict [key] for i，枚舉中的特徵（record.features）：if feature.type ==“ TRANSMEM”：out.write（record_dict.get_raw（key）.decode（））

＃！/ usr / bin / env嚴格執行；使用警告；使用SWISS :: Entry; my $ flat = $ ARGV [0] || die（“需要平面文件\ n”）; ##更改行終止字符串，以便我們在本地時間讀取##整個條目$ / =“ \ n // \ n”; my $ fh; ##處理壓縮或未壓縮的文件if（$ flat =〜/ \。gz $ /）{open （$ fh，“ zcat $ flat |”）|| die（“無法打開平面文件$ flat：$！\ n”）;} else {open（$ fh，“ $ flat”）|| die（“無法打開平面文件$ flat：$ !: $ @ \ n”）;} ##解析文件。 entry：while（我的$ current_entry = < $ fh>）{##將當前條目作為“ entry”對象讀取my $ entry = SWISS :: Entry->fromText（$ current_entry）; ##為每個我的$ feature（$ entry->FTs->elements（））迭代條目的功能{##如果任何功能是'TRANSMEM'，則在（$ feature-> [0] eq'TRANSMEM' ）{打印“ $ current_entry \ n”; ##跳至下一條目；下一條目； }}}