J0HN_TIT0R
2017-06-12 22:45:52 UTC
從RNA序列實驗中，我有2種樣品條件的大約17000個基因id，根據與對照相比它們的log2倍變化進行排列。我需要對它們進行批註，但是我以前從未做過批註，並且想知道如何在R中進行此批註。
我對所涉及基因的途徑的上調和下調感興趣。我也想獲得豐富和p值分析。我很感興趣R中是否存在與PANTHER類似的軟件包以進行此分析。我一直在閱讀不同的註釋程序如何更好或更壞。似乎PANTHER比DAVID更好，所以我想知道是否有一個軟件包可以在R中提供類似PANTHER的分析。
似乎有多個軟件包可用，是否有任何突出的軟件包？最好？
我主要對人類樣品和註釋途徑感興趣。
我已使用該信息更新了您的問題。您目前擁有哪些基因ID（例如Ensembl，refseq等）？
您如何定義最佳？您想知道什麼，協調的基因，下調或上調的途徑？您想要GSEA單樣本還是整體樣本，有競爭性還是非競爭性？對我來說，這個問題就像我有一個數字列表，我想進行一些操作以獲得最重要的數字，哪種方法可用？
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就目前而言，這個問題是無法回答的。 @J0HN_TIT0R您沒有提供足夠的背景信息來了解*感興趣的功能以及原因。：這在很大程度上決定了我們可以推薦的濃縮和富集工具。另外，在SE上不建議有關“最佳工具”的問題，因為它們主要基於意見。