題:
冠狀病毒或SARS是否有可能合成?
Sscheme
2020-02-04 07:54:07 UTC
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我聽說了關於2019-nCov新型冠狀病毒起源的幾種陰謀論。例如,病毒和/或SARS是在實驗室生產的,或者是中東呼吸綜合症(MERS)的某種變體,是通過實驗室工作人員運送的。

我很清楚,生物信息學揭穿了許多涉及傳染病的陰謀論,其中很重要的一個例子是非洲的脊髓灰質炎疫苗接種計劃是艾滋病毒的起源,例如 here。同樣,利用生物信息學研究,許多關於人為感染艾滋病毒的陰謀論據也被推翻了。

您是否有生物信息學證據可以揭露當前陰謀論者對冠狀病毒的看法?

有關更多信息,請訪問:https://skeptics.stackexchange.com/
一 回答:
Michael
2020-02-04 22:30:12 UTC
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這種情況是不可能的,如果不那麼嚴重的話將是可笑的。證據在系統發育樹中。法醫小組進行調查時,這有點像犯罪現場。我們已經進行了足夠多的犯罪現場調查,經常去現場,收集病原體,進行測序,然後進行分析-(通常是被忽視的疾病),而沒有任何相關的陰謀論。

關鍵的技術問題是冠狀病毒是 zoonoses ,病原體從動物水庫和系統樹傳播到人類,確實有助於了解病毒的傳播方式。

樹木

  1. 所有樹木的關鍵是蝙蝠。蝙蝠譜係以副生譜系和單譜系譜系存在於β冠狀病毒系統發育史(樹)的每個點上,其中一個例子就是這種β冠狀病毒樹 here。意思是將樹的分支連接到“主分支”的節點代表共同的祖先,並且幾乎可以肯定是蝙蝠傳播的角膜病毒。對於SARS尤其如此,-此處蝙蝠病毒無處不在。
  2. 此處還顯示,SARS在兩個場合獨立發生,再次被蝙蝠血統包圍,並且2019-nCov至少單獨出現了一次,再次與蝙蝠有關。
  3. 最後,下面的樹是BioRxiv Zhou等人(2020)的圖“發現與人類近期肺炎暴發有關的新型冠狀病毒及其潛在的蝙蝠起源”表明2019-nCov譜係是從蝙蝠(RaTG13 *)中分離出的非常緊密的病毒的直接後代。這是一個非常確定的結論,順便說一句。 enter image description here
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    注意,我通常不顯示嵌入式圖像,但是這樣一個不錯的發現(對審閱者的提示),並且BioRxiv是開放訪問的。

    陰謀論1 實驗室製造的病毒

    從字面上看,這將需要有人傳播一種新型病毒,其人類致病性未知,並獨立地在中國蝙蝠種群中引入所有較早的傳代。然後,他們希望每個血統都成為獨立的病毒種群,然後將病毒引入人類。因此,當野外研究小組使用霧網誘捕蝙蝠,從市場上購買蝙蝠,分離病毒並對其進行測序時,他們會發現導致人類流行的蝙蝠種群中一系列美麗的自然變異,這完美地匹配大量其他病毒性人畜共患病。此外,這必須在SARS和2019-nCov之前大體上發生,因為蝙蝠beta冠狀病毒已經知道先前的兩種流行病。

    生物學解釋 一般蝙蝠是大量病原體的宿主,尤其是病毒,包括許多α病毒,黃病毒,狂犬病該病毒被認為在埃博拉病毒中很重要(我對此一無所知),甚至對幾種真核寄生蟲也很重要。這是有道理的,因為它們是哺乳動物,因此進化論比鳥類更接近我們,因為它們具有巨大的傳播潛力,並且在“人滿為患”的區域棲居,可以在蝙蝠之間快速傳播。

    技術樹顯示蝙蝠是beta冠狀病毒的共同祖先,特別是導致2019-nCov和SARS出現的血統,在這棵,這一個中可以看到和上面的樹。最明顯的解釋是該病毒在蝙蝠中流行,並已跳入人類。對於SARS,中間宿主或可能的“媒介”是狸貓。

    該理論和觀察結果完美地吻合了生物學答案。

    陰謀論2 中東聯繫

    我聽到了一個非常奇怪的陰謀論,試圖將MERS與2019-nCov聯繫起來。

    生物學解釋所有的冠狀病毒樹都表明MERS是最早分化的病毒之一,並且是從理論上來說,這與2019-nCov距離非常遙遠。這些病毒之間的同源性為50%,因此它是MERS或2019-nCov。相比將黃熱病病毒(死亡率為40-80%)與西尼羅河病毒(死亡率為<<0.1%)混合在一起,這兩種病毒在每個級別上都是完全不同的。

    那怎麼辦?錯誤?系統發育學家可以將其發現一英里。我們獲得了講故事的系統發育特徵,但是我們也這樣做是為了評估“罕見”的遺傳現象。冠狀病毒沒有什麼“稀有”的。唯一的異常是poly-A尾部的變化,這是來自體外時間序列實驗的自然變化。基本上,我們已經通過樹木研究了足夠多的病毒/寄生蟲,這些病毒/寄生蟲根本沒有任何陰謀論(通常是被忽視的疾病),並且了解自然變異是如何運作的,因此,系統進化論者可以將小麥從穀殼中脫穎而出,而無需真正思考。 / p>

    意見:陰謀論被深深誤導了,我能想像的唯一聯繫是中國。但是,中國人攜帶大量病毒,尤其是流感病毒,會導致重大流行病,但這是其自然生態(小農耕作)的結果,允許病毒在水庫宿主之間傳播。我沒有去過中國的小農場,但我在世界其他地方也去過,當你看到它們時,你就明白了。豬,雞(中國鴨),狗,馬和人都生活在10米之內。

    結論 將大量蝙蝠運往市場,蝙蝠湯,樹棲哺乳動物(例如與蝙蝠同居的象甲)的生肉。然後,根據系統發育數據來考慮經典流行病學,這是非常一致的,只有一幅圖表明冠狀病毒是設法在患者之間傳播的許多人畜共患病之一。

    摘要基本點是符合人畜共患病經典流行病學的生物信息學。

    *,注意蝙蝠冠狀病毒RaTG13比2019-nCov爆發早了7年。甚至還不清楚是否已經分離出該病毒,即可能只是RNA序列。

    “他們發現了約500種新型冠狀病毒,其中約50種與該家族的SARS病毒相對接近這棵樹,包括RaTG13,是從他們2013年從雲南省莫格蘭(Moglang)的一個山洞中收集的蝙蝠糞便樣本中捕撈而來的。” 2020年《科學》雜誌,

[此印度小組]提到“與HIV-1 gp120或HIV-1 Gag具有相同或相似性的”“ 4個插入片段”中的“氨基酸殘基”呢? biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1),這些突變可能與此[台灣教授]所指的突變相同(https://asiatimes.com/2020/02/covid-19-may-be-人為主張台灣學者/)?他們彌補了嗎?他們的結論錯了嗎?
我們在這裡檢查了一個非常相似的問題,https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/11283/a-new-paper-suggests-the-corona-virus-has-uncanny-similarity-of-unique-inserts/11289# 11289
有趣的是,最近的一篇論文表明與RaTG13的總體相似性可能會有點誤導,而是指向GD Pangolin-CoV:“有趣的是,GD Pangolin-CoV和SARS-CoV-2的這六個關鍵AA是相同的[16 ]。相反,儘管SARS-CoV-2和RaTG13的基因組總體上更相似,但兩種病毒之間六個功能位點中只有一個是相同的(圖1B)。[...]“ https:// doi .org / 10.1093 / nsr / nwaa036
反過來,這似乎引起了爭議http://virological.org/t/response-to-on-the-origin-and-continuing-evolution-of-sars-cov-2/418


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