我希望將字符狀態從不存在矩陣更改為系統發育。因此，我想確定發生給定“突變”或“變化”的節點和分支的最簡約假設。

我嘗試將每個字符分配給其葉子節點，然後將葉子節點的字符分配給它的葉子節點。姐姐具有相同的字符，我將該字符重新分配給父節點（然後重新工作，直到分配了所有節點）。我使用的是虛設的數據集來嘗試實現這一點：

  Matrix>Dme_0011110000000000111>Dme_0021110000000000011>Cfa_0010110000000000011>Mms_0010110000000000011>Hsa_0010110000000000010>Ptr_0020110000000000011>Mmu_0020110000000000011>Hsa_0020110000000000011>Ptr_0010110000000000011>Mmu_0010110000000000011Phylogeny（（Dme_001，Dme_002），（（（Cfa_001，Mms_001），（（Hsa_001，Ptr_001），Mmu_001）），（ Ptr_002，（Hsa_002，Mmu_002）））））;  

我使用ete3分配內部節點，所以我的輸出應該是：

  BranchID CharacterState ChangeNode_1：0 0->1Hsa_001：15 1->0  

當我的代碼遇到丟失時，會根據其姐妹的角色狀態分配字符狀態，從而使輸出混亂，從而使得：

  BranchID CharacterState ChangeNode_1：0 0->1Node_3 15 0->1Node_5 15 0->1Node_ 8 15 0->1  

我正在python 2.7中進行編碼，歡迎您的幫助。

我的代碼：

  from ete3 import PhyloTreefrom collections import Counterimport itertoolsPAM = open（'PAM'，'r'）gene_tree ='（（（Dme_001，Dme_002），（ （（Cfa_001，Mms_001），（（（Hsa_001，Ptr_001），Mmu_001）），（Ptr_002，（Hsa_002，Mmu_002））））））;'NodeIDs = [] tree = PhyloTree（gene_tree）edge = 0對於tree.traverse（ ）：如果不是，則node.is_leaf（）：node.name =“ Node_％d”％edge edge + = 1 NodeIDs.append（node.name）如果node.is_leaf（）：NodeIDs.append（node.name）
f = open（'PAM'，'r'）taxa = [] pap = []對於f中的行：term = line.strip（）。split（'\ t'）taxa.append（term [0]）p = [在項[1]中為p表示p]] pap.append（p）statesD = dict（zip（taxa，pap））def PlotCharacterStates（）：情節= []事件= []對於鍵，狀態D中的值）：對於s的值，計數= -1：如果s ==字符狀態：a =鍵，則計數+ = 1；對事件進行計數。append（a）Round3_events = []而len（events）> 0：對於關係中的rel：node_store = [] sis_store = []用於事件中的事件：如果rel [0] == event [0]：node_store.append（event [1]）如果rel [1] == event [0]：sis_store.append（event [ 1]）如果（len（node_store）> 0）和（len（sis_store）> 0）：place = rel，node_store，sis_store Round3_events.append（place）= [] for placeme Round3_events中的nt：截距=（set（placement [1]）& set（placement [2]））node_plot =（set（placement [1]）-set（placement [2]））sis_plot =（set（placement [2 ]）-如果len（node_plot）則設置（placement [1]））> 0：對於node_plot中的x：y =展示位置[0] [0]，如果len（node_plot）被移動，則x Plots.append（y）.append（y） sis_plot）> 0：表示sis_plot中的x：y =放置[0] [1]，x如果Plots.append（y）已移動。append（y），如果len（intercept）> 0：表示x在截距中：y =放置[ 0] [2]，x y1 =展示位置[0] [0]，x y2 =展示位置[0] [1]，x個事件中的x move.append（y1）moving.append（y2）events.append（y）事件：如果event [0] ==“ Node_0”：
Plots.append（event）移動.append（event）events2 =（set（events）-set（moved））events = []對於events2中的事件：events.append（event）pl = set（Plots）Plots = []對於pl中的p：Plots.append（p）打印CharacterState，將Plots'''分配給葉子的姐妹，internals'''e = [] round1b_e = [] round2a_e = [] placements = [] Relationships = [] Rounds = [ ] for tree.traverse（）中的節點：姐妹= node.get_sisters（）父= node.up cycle1 = [] if node.is_leaf（）：對於姐妹中的姐妹：if sister.is_leaf（）：round1a = [“ Round1a “，node.name，sister.name，parent.name] node_names = node.name，sister.name Rounds.append（round1a）e.append（node_names）x = node.name，sister.name，parent.name，”樹葉” Relationships.append（x）（如果不是sister.is_leaf（））：round1b = [“ Round1b”，node.name，sister.name，parent.name] node_names = node.name，sister.name Rounds.append（round1b）round1b_e.append（node_names）x = node.name，sister.name，parent.name，“ node-leaf” Relationships.append（x）不是節點。 is_leaf（）：如果不是node.is_root（）：對於姐妹中的姐妹：如果不是sister.is_leaf（）：node_names = node.name，sister.name round2a_e.append（node_names）x = node.name，sister.name， parent.name，“節點-節點” Relationships.append（x）x = [] CharacterStates = []用於鍵，狀態中的值D.iteritems（）：用於值中的值：x.append（value）y =已排序（設置（x））對於y中的x：CharacterStates.append（x），對於CharacterStates中的CharacterState：PlotCharacterStates（）