natasa
2017-06-05 21:36:55 UTC
我們正在設計CRISPR / Cas9實驗並考慮下游數據分析。
是否有任何R軟件包可以使用CRIPSR / Cas9來分析來自合併遺傳篩選的原始NGS讀取計數數據，從而破壞細胞群中的基因表達？我想我們需要從基礎知識入手，即序列處理，數據探索，可視化等。
這與其他表達分析有何不同？即為什麼不能使用一種標準的工作流程進行差異表達分析？
我只想強調一下，使用CRISPR / Cas9進行編輯並僅估算表達本身並不是一個好主意。如果您確實有很多樣本，那麼您可能首先有興趣檢查此編輯帶來的突變負擔。然後最好進行表達分析。我也將使用下面提到的以下工具，但是即使不考慮我的編輯是否拋出大量SNV，也不會做任何事情。如果沒有拋出，則可以進行線性混合效果的下游分析。