Sara
2017-07-03 19:25:40 UTC
我想從pfam數據庫此處獲得1kf6鏈A（PDB ID）的對齊。該蛋白質鏈具有兩個主要結構域（FAD_binding_2和Succ_DH_flav_C）。在pfam中，有一個到這些域之一的鏈接，然後在頁面下方的表中單擊提到的域之一，然後在另一頁面的頂部是指向體系結構的鏈接。
例如，如果我們單擊表中的“ FAD_binding_2”，則有220個具有此域的體系結構，然後單擊該按鈕（在頁面頂部），頁面將在此處打開。在此頁面中，7471序列具有以下體系結構：FAD_binding_2，Succ_DH_flav_C與我的鏈最相似（因為它同時具有FAD_binding_2和Succ_DH_flav_C域）。
如果要查看具有該體系結構的所有7471序列，可以單擊該體系結構下的顯示按鈕，最後可以看到所有類似於鏈A序列的7471體系結構。在頁面下方，我們可以看到其他都具有FAD_binding_2的體系結構，但是其中一些體系結構既沒有FAD_binding_2和Succ_DH_flav_C域（或者其中一些還沒有我們不感興趣的其他域），因此我們不需要它們的序列和他們的路線。
當我們想在頁面左側獲取完整序列的比對時，我們可以看到我們只能獲取所有15696個序列的比對，而且似乎沒有辦法獲得所有序列的比對。我們最喜歡的7471序列的比對。我想知道是否有任何方法可以獲取比對或至少獲取我們最喜歡的7471序列的fasta文件（這些序列具有我們最喜歡的兩個域，而不僅僅是它們之一）？