以下javascript可以滿足您的需求。您需要運行node.js。將代碼轉換為Python應該很容易。我沒有仔細測試。謹慎使用。

編輯（對新註釋的響應）：程序已更改為計算長度之和。注意，僅計數長度為k * 2或更長的串聯重複序列。例如，按順序 ATTGGGATTGGGATTcGGGATTGGG ，腳本返回15，因為第二個時間不夠長。小於k * 2的長度計數會更慢且更複雜，但通常不是正確的選擇。例如，在 ATTGGGATTGGGcccccccccgaaatcgatagcatcgaGGGATTGcgatc 中，我們不會將第二個 GGGATTG 視為串聯重複。

在性能上，對於長度為$ l的輸入字符串$，此腳本的時間複雜度是$ O（l）$和一個小常數。

如果使用 TRF，則應在序列上運行它，然後測試是否有任何重複的串聯重複序列找到匹配的 GGGAAT

–步驟與我的腳本類似，不同之處在於TRF還會發現不正確的重複。

  //給定重複單元的長度_k_，找到所有2 * k或更長時間的串聯重複函數trf_k（k，str）{var streak = 0，a = []; for（var i = k; i < = str.length; ++ i）{if（i（i < str.length && str [i] == str [i-k]））{++ streak; } else {if（streak > = k）a.push（[i-streak-k，i]）;條紋= 0;返回一個串聯重複長度之和，其中_kmer_為重複單位函數trf_kmer（kmer，str）{var a = trf_k（kmer.length，str），sum = 0;對於（var i = 0; i < a.length; ++ i）如果（str.substring（a [i] [0]，a [i] [1]）。indexOf（kmer）> = 0）sum + = a [i] [1]-a [i] [0];返回總和；}
每個級別='persistentGggattagattagassagattagattagattagattagattagsuks'; console.log（side_kamer（'gagutt'，level））;