題:
用biopython截斷系統發育樹的分支長度值
Sidra Younas
2018-12-17 13:16:35 UTC
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我一直在使用biopython 1.72來顯示我的系統進化樹文件。

  1. 使用函數'Phylo.draw（pars_tree，branch_labels = lambda c：c.branch_length ）'同時在樹上顯示分支長度，樹將分支長度顯示為包括小數點後的所有數字。雖然我希望將數字截斷到兩位小數位。以下是一種python方法，它最多可以截斷“所需的數字” 個小數位。 0）：乘數= 10 **小數點返回int（n *乘數）/ multipliertruncate（12.567，2）＃使用函數12.56＃輸出我可以將biopython這樣的方法用於分支長度嗎？

  2. 'Phylo.draw'函數將打開一個非常狹窄的窗口，如果樹文件較大，則所有分支都將重疊，並且很難讀取所寫內容。有誰知道更好的顯示方法嗎？

    3. ol>

    下面是示例代碼，我一直在使用：

      from Bio import Phylofrom Bio。 Phylo.TreeConstruction導入*從Bio導入AlignIOaln = AlignIO.read（open（'example.phy'），'phylip'）calculator = DistanceCalculator（）dm = Calculator.get_distance（aln）構造函數= DistanceTreeConstructor（）njtree =構造函數.nj （dm）starting_tree = njtreescorer = ParsimonyScorer（）searcher = NNITreeSearcher（scorer）constructor = ParsimonyTreeConstructor（searcher，starting_tree）pars_tree = Constructor.build_tree（aln）Phylo.draw（pars_tree，branch_labels = lambda c：c.branch_length >

    我有一個msa文件作為輸入，它給出了一棵樹，看起來像：

      _______ Human _______ | | | _______黑猩猩________ | | | _______狗
_______ | | _______ | | | | _______牛_______ || | | | | _______________________大象_______ | | | | | _______________________________鼠標| | _______ | | _______________________________________鴨嘴獸| | | | _______________________________________ Anole_lizard | | _______ | ______ | | _______________________________雞肉| | | _______ | | | | _______________________________ Zebra_finch | | | | _______________________________________________________非洲爪蟾_ | | _______________________________________________________斑馬魚| ______ | | | _______________________________________________________府谷| | ______________________________________________________________ Amphioxus
如果您不願意使用python可視化樹，則[FigTree]（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/）提供了一個很好的選擇。
好吧，這就是阻礙我的原因。我正在使用python。
您能否提供輸入樹的示例？我會解析樹文件本身，截斷值，編寫新樹，然後繪製它，而不是在繪製時嘗試這樣做，來解決這個問題。 BioPython的樹處理方法不是IMO的強項，因此，對於這種情況，我可能會使用ETE3或Dendropy-這些工具可能包括用於截斷節點/分支值的選項。
我已經為此編輯了我的問題。
二 答案:
Michael
2018-12-24 21:26:32 UTC
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抱歉，請嘗試以下操作

  allclades = list（pars_tree.find_clades（order ='level'）），對於我，blength枚舉（allclades）：printf（blength =％。 2f，blength）

“ allclades”是一個字典，而不是一個簡單的數組。

如果失敗，我將使用 pprint檢查allclades數據結構（直接）或通過以下代碼使用 printStruct 

  >>> d = [{'a1'：1，'a2'：2，' a3'：3}，[1,2,3]，[{'b1'：1，'b2'：2}，{'c1'：1}]，'d1'，'d2'，'d3'] >>> printStruct（d）def printStruct（struc，indent = 0）：if isinstance（struc，dict）：在struc.iteritems（）中為key，val打印'* indent +'{'：如果isinstance（val，（dict， list，tuple））：打印''*（indent + 1）+ str（key）+'= >'printStruct（val，indent + 2）else：打印''*（indent + 1）+ str（key）+ '= >'+ str（val）打印''* indent +'}'elif isinstance（struc， list）：為struc中的項目打印''* indent +'['：printStruct（item，indent + 1）print''* indent +']'elif isinstance（struc，tuple）：打印''* indent +'（ '用於struc中的項目：printStruct（item，indent + 1）打印''* indent +'）'else：打印''* indent + str（struc）

結構，您將其相應地分解為分支長度，然後發出printf命令將其舍入為2 dp。

Goodluck

這仍然沒有幫助我。詳盡的答案可能會有所幫助。
如果可以的話，我將重現分析，但我不是您的主管（實際上是一個非常低的優先級）。 “列表”是與printf結合使用的答案的關鍵。從“列表”中解鎖對像以達到分支長度是這裡的關鍵。
Michael
2018-12-23 18:08:00 UTC
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執行此操作的通用編碼方式是 printf 命令，無論使用哪種語言（sprintf取決於語言），對於Python來說，這是

  blength = 0.22342 printf（“ Taxa A，blength =％。2f”，blength）

輸出

Taxa A，0.22 可能對您的上下文有用： ：printf（blength =％。2f，blength）

好運

它對我沒有用。首先有一個語法錯誤，當我以這種方式使用它時：`allclades = list（pars_tree.find_clades（order ='level'））for enumerate（allclades）中的blength：print（blength =“％8.2f”％blength） `。它說：““ TypeError：不是在格式化字符串時轉換了所有參數”。有什麼建議嗎？


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