bluescholar1212
2017-07-27 03:03:37 UTC
我試圖以類似於Web BLAST爆炸打擊分佈圖的圖形顯示方式可視化BLAST搜索結果。
例如，通過我的BLAST搜索：
，除了我希望該圖包含信息，包括有關我的查詢序列中所有6139命中分佈的信息。
由於這是大量序列，可以直觀地顯示分佈，因此我正在考慮使用某個區域的點擊次數得分，並且輸出類似於：
如果要使用BLAST +命令行工具運行blast，並將結果讀入R，則應繪製輸出的哪些部分以重新創建圖形顯示的分佈？理想情況下，我想製作一個可重用的對象，該對象可以對任何BLAST輸入進行等效繪製。
謝謝。
您如何獲得區域點擊次數的分數？我認為您應該首先獲得分數並在R中繪製分數和區域。
爆炸輸出將使用哪種格式？標準規範之一，還是您願意定義自己的規範？這會標出查詢中每個位置的匹配數或它們的得分嗎？還是他們的整體身份？示例軸上的“保護”到底是什麼？
@terdon我不喜歡任何特定類型的爆炸輸出，並且願意為這個問題定義自己的爆炸輸出。我認為我會選擇繪製每個位置的點擊數而不是得分。該[link]（https://bcbio.wordpress.com/2009/02/07/automated-protein-conservation-display-from-blast-alignments/）提供了用於在我的環境中製作保護區的方法的說明詳細發布。
但是，如果您不考慮相關HSP的質量，則給定位置的命中數是無用的信息。您似乎想繪製保護區，如果這樣，那是錯誤的方法。例如，您可能在第12位有幾百個匹配，但如果那幾百個都很小並且保存得很差，那麼它們就無關緊要了。
我不想策劃保護措施。我想知道給定人類蛋白質的哪些區域與細菌序列最相似。如果這是我的問題，那麼尺寸/保護度是否一定重要？