使用Biopython導入GFF文件

題:

使用Biopython導入GFF文件

Alex Summers

2018-12-10 08:19:10 UTC

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是否有一種方法可以通過Biopython導入生物體的GFF文件，就像導入Genbank文件一樣？

例如

 以ezez.email ='...'handle = ez.efetch（db ='gene'，id ='AE015451.2'，rettype ='genbank'，retmode ='xml'）導入Entrezh = handle.read（ ）print（h）

這將為惡臭假單胞菌導入Gebank xml文件。有沒有辦法對GFF文件執行此操作？

三答案:

conchoecia

2018-12-10 08:57:43 UTC

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不過，您可以使用此包gffutils將GFF文件讀入python。還有其他一些用於讀取/寫入GFF文件的軟件包，例如 gff3 。

Joe Healey

2018-12-12 01:53:27 UTC

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我將使用 BCBio 進行gff處理，因為它被編寫為與BioPython的對像模型直接接口。

唯一的缺點是，我認為它不再受到積極支持。但是，它是 BioPython文檔通常使用的軟件包。根據該鏈接，有計劃在不久的將來將GFF / GTF解析器適當地合併到BP中。

Daniel Standage

2018-12-13 20:35:19 UTC

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大多數GFF解析器處理將批註數據讀入對像以方便數據訪問的工作，但是大多數不處理解決要素之間關係的重要任務。標籤 Python庫可以同時完成，將相關功能分組在一起以進行檢查，遍歷和按功能進行處理。

CAVEAT ：標籤庫僅支持GFF3。

免責聲明：我是標籤庫的開發人員，因此這是一個無恥的插件。：-）

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