題:
如何構建物種內部關係的分支圖？
twmccart
2017-05-18 00:20:52 UTC
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我有幾個水稻品種的SNP數據，我曾用它們進行比對，但我認為用於生成系統樹的常規模型和算法並不適用，因為這些品種不是物種形成事件的結果並在他們的歷史中相互交融。如何最好地計算和可視化他們的關聯程度？

當您要繪製枝形圖時，您假設樹形拓撲。在這種假設下，您只能使用典型的樹構建器。他們的主要假設是樹狀關係。
三 答案:
nuin
2017-05-18 09:30:57 UTC
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即使存在可能掩蓋這些品種實際進化的近親繁殖和其他遺傳現象，任何系統發育方法學都將能夠準確確定親緣關係。

嘗試使用 MEGA創建鄰居加入樹，這是可用的最簡單的方法之一。這應該給您足夠的機會來檢查品種之間的關係。

Jonathan Moore
2019-08-21 19:58:38 UTC
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如果種質已雜交（與樹狀系統發育衝突），則可以嘗試Splitstree，它嘗試通過增加雜交事件來估計樹狀系統發育。

Michael
2019-08-21 20:08:51 UTC
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等等，您是對的，但是樹木在這裡不起作用。

這是種群遺傳學的領域。您將為每個基因座生成等位基因頻率。等位基因頻率將用於執行Hardy-Weinberg平衡，F統計，Fst和Fis

H-W，首先使用Structure API計算出您有多少種群。這對於接下來的兩次分析非常重要：

  • Fis在這里特別有用，因為它是近交係數，越接近1數據就越近交。

  • Fst距離可用於生成樹，但這不是點突變的模型，而是種群之間遷移的模型。您可以在MEGA中輸入距離矩陣並從中生成一棵樹，Fstat API（我認為）將為您完成。

Pop gen很難引起您的注意首先，但您會習慣的。



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