題:
bwa mem中的伴侶救援是什麼？
juniper-
2018-11-27 00:23:51 UTC
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BWA mem具有跳過伴侶救援和跳過配對的 -S 和 -P 標籤；配合救援，除非也使用-S 。

這些是做什麼的？我假設 -P 彼此獨立地對齊讀取對。那是對的嗎？

-S 的作用是什麼？

您正在使用什麼版本的BWA內存？您是否看過隨bwa一起安裝的手冊？ “請'man ./bwa.1'來獲得手冊。”
0.7.17;我確實看過手冊頁，但解釋有些含糊：_“-P：在成對配對模式下，執行SW僅可挽救丟失的匹配，但不要嘗試尋找合適的匹配。” _
二 答案:
Soo Lee
2018-11-27 12:08:12 UTC
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使用 -SP 等效於在兩個配合中的每個配合上運行 bwa mem ，就像它們是單端讀取一樣，但是它將輸出格式化為適當的配對-end輸出，即正確添加所有與對相關的標誌。如果不使用 -SP ，則默認情況下 bwa mem 會強制對齊未對齊讀段，如果其配對對齊到某個位置。 -SP 關閉強制對齊。我們使用 -SP 映射Hi-C讀物。

h.mon
2018-11-27 02:24:57 UTC
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如果一個讀映射不匹配，則BW​​A嘗試通過對未映射的配偶執行Smith-Waterman對齊來搶救另一個讀， -S 禁用此配偶搶救。

-P 確實確實禁用了配對，但仍啟用了配對救援-我認為 -P 禁用了正確的配對標誌的設置。如果設置 -P 和 -S ，則BWA會將配對的讀段實質上映射為單個讀段。

“試圖營救”是什麼意思？為什麼第二讀地圖使用Smith-Waterman而不使用原始算法？


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